Abre el mugen.cfg con el notepad, y en la pestaña "[Sound Win]" te toparas con esto...
WavVolume = 64
MidiVolume = 96
MP3Volume = 212
ModVolume = 64
CDAVolume = -1
Aqui es donde configuras el volumen de cada archivo, mp3 y midi para los stages, y wav para los sonidos de los chars.