Pues cada char es programado diferente, tendrias que cambiar el CMD de los chars, aunq como la mayoria no son OS(Open source) no esta permitido, eso de los botones ya es cuestion del programador, aunq siempre puedes cambiar los controles en el mugen en la configuracion, creo que eso te servira:
En el menu de mugen vete a opciones, luego le das a F1 y ahi cambias las teclas para cada golpe.
suerte